Shrek, birtakım maceraların ardından Prenses Fiona'yı kurtarmıştır ve ardından da evlenmişlerdir. Şimdi Shrek’in yapması gereken bir şey vardır. Shrek, Fiona’nın ailesiyle tanışmalıdır. Bunun içinde Fiona’nın ülkesine gitmelidirler. Bunun üzerine Shrek, Fiona ve Eşek yola çıkarlar. Yolculuğun sonunda ülkeye varırlar ama Fiona’nın ailesi şok olur ve kızlarının kurduğu hayattan pek de memnun değillerdir. Shrek'in kaba ve çirkin görünüşü, krallığı için endişelenen Kral Harold'u tedirgin eder. Evlilikleri sarsan bir gerilim ortaya çıkar. Sonuç olarak bu yolculuk ailenin beklediği gibi mutlu bir şekilde başlamaz.

Kral Harold ölmüştür ve tahtın yeni bir krala ihtiyacı vardır. Varis olan kişi de beceriksiz dev Şrek'tir. Ancak bu kral olma fikri Şrek'in hiç de hoşuna gitmemektedir. Onun en büyük isteği hamile eşi Fiona ile beraber bataklıktaki sevgi dolu evlerinde huzurla yaşamaktır. Bunun için tahtın bir diğer varisi olan Artie'yi bulması ve tahta onun geçmesini sağlaması gerekmektedir. Artie'yi bulmak için yola düşen Şrek yanına arkadaşları Eşek ve Çizmeli Kedi'yi de alır. Bu esnada Yakışıklı Prens de kral olmaya çalışan kötü adamların arasına katılır.