Kirpi Sonic çok özel güçleri olan sıradan olmayan bir kirpidir. Sonic dünyaya adımını attıktan sonra hükümet onu yakalayabilmek için çalışmalara başlar. Sonic’in peşinde çok fazla çalışan vardır. Devlet görevlilerinin tek işi Sonic’i yakalamak olmuştur. Sonic’in amacı ise Doktor Eggman’ın ele geçirdiği yüzükleri ondan geri almaktır. Bu yüzüklerin Doktor Eggman’da olmaması gerekmektedir. Kirpi Sonic bir yandan kendisini kurtarmaya çalışıyordur. Bir yandan da Doktor Eggman’ın peşindedir. Peki Sonic bu görevinde başarılı olacak mı? Yoksa hükümete yakalanacak mı?

Kirpi Sonic’in şimdi başka bir düşmanı vardır; Dr. Robotnik. Sonic’in şimdi tüm gücüyle bu düşmana karşı savaşması gerekmektedir. Sonic bir önceki filmde başına gelenlerden sonra Green Hills’e yerleşir. Sonic şimdi gerçekten bir kahraman olmak istiyordur. Bunun için ne yapması gerekirse yapmaya da hazırdır. Sonic kahraman olabilmek için yeterli güçlere de sahip olduğunu da düşünüyordur. Bu sırada Doktor Robotnik yeni ortağı ile birlikte kötülük peşindedirler. İki kötünün amacı bulunan tüm medeniyetleri yok etmektir. Bunun içinde çok büyük güçleri olan zümrüde ihtiyaçları vardır.