Bir bilimsel deney sonucunda Mewtwo'nun bir klonu yaratılır, ancak bu klon Mewtwo'nun kötü planlarını gerçekleştirmek için hemen harekete geçer. Ash ve arkadaşları, Mewtwo'nun kötü niyetli planlarını engellemek amacı ile bir araya gelirler. Kendi güçlerini birleştirerek dünyayı korumak için büyük bir mücadele başlatırlar. Bu sıradışı tehdide karşı durmak için zorlu bir yolculuğa çıkarlar, dostluklarını ve cesaretlerini sınarlar. Mewtwo'nun yok etme amacı ile başlattığı tehlikeli macerada, Ash ve ekibi, birlikte çalışarak dünyayı kurtarmak için ellerinden gelenin en iyisini yapmaya kararlıdır.
