Kirpi Sonic’in şimdi başka bir düşmanı vardır; Dr. Robotnik. Sonic’in şimdi tüm gücüyle bu düşmana karşı savaşması gerekmektedir. Sonic bir önceki filmde başına gelenlerden sonra Green Hills’e yerleşir. Sonic şimdi gerçekten bir kahraman olmak istiyordur. Bunun için ne yapması gerekirse yapmaya da hazırdır. Sonic kahraman olabilmek için yeterli güçlere de sahip olduğunu da düşünüyordur. Bu sırada Doktor Robotnik yeni ortağı ile birlikte kötülük peşindedirler. İki kötünün amacı bulunan tüm medeniyetleri yok etmektir. Bunun içinde çok büyük güçleri olan zümrüde ihtiyaçları vardır.